文件读写 ase.io

ase.io是一个用于处理文件读写的库。它提供了一系列方便的接口，可以帮助我们在编程时处理文件的读取、写入、更新等操作。使用ase.io，我们可以更方便地在各种环境下处理文件，极大地提高了开发效率。

ase.io.read

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**ase.io.read(*filename: [Union](https://docs.python.org/3.10/library/typing.html#typing.Union)[[str](https://docs.python.org/3.10/library/stdtypes.html#str), [PurePath](https://docs.python.org/3.10/library/pathlib.html#pathlib.PurePath), [IO](https://docs.python.org/3.10/library/typing.html#typing.IO)]*, 
				*index: [Any](https://docs.python.org/3.10/library/typing.html#typing.Any) = None*, 
				*format: [str](https://docs.python.org/3.10/library/stdtypes.html#str) = None*, 
				*parallel: [bool](https://docs.python.org/3.10/library/functions.html#bool) = True*, 
				*do_not_split_by_at_sign: [bool](https://docs.python.org/3.10/library/functions.html#bool) = False*,
				 ***kwargs*)
	→ [Union](https://docs.python.org/3.10/library/typing.html#typing.Union)[[Atoms](https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/ase/atoms.html#ase.Atoms), [List](https://docs.python.org/3.10/library/typing.html#typing.List)[[Atoms](https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/ase/atoms.html#ase.Atoms)]]**

index

index 参数用于指定我们想要读取的文件的索引。

例如，如果我们有一个包含多个文件的目录，并且我们只想读取其中的某个特定文件，那么我们就可以通过设置index参数来实现这个目标。我们可以将index设置为我们想要读取的文件的索引号，ase.io.read函数就会只读取对应索引号的文件。这样，我们就可以方便地读取和处理我们感兴趣的文件，而忽略其他不相关的文件。

Examples:

  • index=0: first configuration
  • index=-2: second to last
  • index=':' or index=slice(None): all
  • index='-3:' or index=slice(-3, None): three last
  • index='::2' or index=slice(0, None, 2): even
  • index='1::2' or index=slice(1, None, 2): odd

format

'format' 参数用于指定我们想要读取的文件的格式。

例子：如果我们想读取的文件是 JSON 格式，我们可以将 'format' 参数设置为 'json'，ase.io.read 函数就会按照 JSON 格式来读取文件。

parallel

'parallel' 参数用于指定是否启用并行读取。

例子：如果我们有大量的文件需要读取，并且想要提高读取速度，我们可以将 'parallel' 参数设置为 True，这样 ase.io.read 函数就会启用并行读取，从而提高读取速度。

do_not_split_by_at_sign

'do_not_split_by_at_sign' 参数用于指定是否把 '@' 符号作为文件名和索引的分隔符。

例子：如果我们的文件名中包含 '@' 符号，并且我们不想把它作为文件名和索引的分隔符，我们可以将 'do_not_split_by_at_sign' 参数设置为 True，这样 ase.io.read 函数就不会把 '@' 符号作为文件名和索引的分隔符。

ase.io.iread

ase.io.iread 是非常适合处理大型文件的函数，它可以有效地管理内存使用，避免一次性加载大量数据导致内存溢出。这对于处理科学计算、数据分析等需要处理大量数据的场景非常有用。

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ase.io.iread(filename: Union[str, PurePath, IO],
			 index: Any = None, format: str = None,
			 parallel: bool = True,
			 do_not_split_by_at_sign: bool = False,
			 **kwargs)
	→ Iterable[Atoms]

以下是参数的详细解释：

filename

'filename' 参数是你想要读取的文件名。可以是字符串，PurePath 对象，或者 IO 对象。

index

'index' 参数用于指定你想要读取的文件的索引。例如，如果你有一个包含多个文件的目录，你只想读取其中的某个特定文件，你可以通过设置 'index' 参数来实现这个目标。

format

'format' 参数用于指定你想要读取的文件的格式。例如，如果你想读取的文件是 JSON 格式，你可以将 'format' 参数设置为 'json'，ase.io.iread 函数就会按照 JSON 格式来读取文件。

parallel

'parallel' 参数用于指定是否启用并行读取。例如，如果你有大量的文件需要读取，并且想要提高读取速度，你可以将 'parallel' 参数设置为 True，这样 ase.io.iread 函数就会启用并行读取，从而提高读取速度。

do_not_split_by_at_sign

'do_not_split_by_at_sign' 参数用于指定是否把 '@' 符号作为文件名和索引的分隔符。例如，如果你的文件名中包含 '@' 符号，并且你不想把它作为文件名和索引的分隔符，你可以将 'do_not_split_by_at_sign' 参数设置为 True，这样 ase.io.iread 函数就不会把 '@' 符号作为文件名和索引的分隔符。

使用 ase.io.iread 函数，你可以更高效地处理大量数据，而且这个函数的参数设置也非常灵活，可以满足各种不同的需求。

ase.io.write

ase.io.write 是一个用于将 Atoms 对象写入文件的函数。它可以处理单个 Atoms 对象，也可以处理 Atoms 对象的列表。

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ase.io.write(filename: Union[str, PurePath, IO],
             images: Union[Atoms, Sequence[Atoms]],
             format: str = None,
             parallel: bool = True,
             append: bool = False,
             **kwargs: Any) → None

以下是参数的详细解释：

filename

‘filename’ 参数是你想要写入的文件名。可以是字符串，PurePath 对象，或者 IO 对象。如果文件名为 ‘-’，则表示标准输出。

images

‘images’ 参数是一个 Atoms 对象或者 Atoms 对象的列表。这是你想要写入文件的数据。

format

‘format’ 参数用于指定你想要写入的文件的格式。例如，如果你想将数据写入 JSON 格式的文件，你可以将 ‘format’ 参数设置为 ‘json’，ase.io.write 函数就会按照 JSON 格式来写入文件。如果没有给出，文件格式将从文件名的后缀中获取。

parallel

‘parallel’ 参数用于指定是否启用并行写入。默认情况下，只在主节点上写入。如果你想从所有从节点写入，你可以将 ‘parallel’ 参数设置为 False。

append

‘append’ 参数用于指定是否在现有文件后追加内容。默认情况下，文件以 ‘w’ 或 ‘wb’ 模式打开，覆盖现有文件。在某些情况下，以 ‘a’ 或 ‘ab’ 模式（追加）打开文件是有用的，例如写入轨迹或在一个文件中保存多个 Atoms 对象。但是要注意，如果文件格式不支持没有额外关键字/头的多个条目，使用 ‘append=True’ 创建的文件可能无法被任何程序读取！尽管如此，它们仍然会在没有错误消息的情况下被写入。使用额外关键字是特定于格式的。